国家专用集成电路系统工程技术研究中心（简称工程中心）组建于1992年，主管部门为教育部、江苏省科技厅，依托于东南大学，1995年通过国家科技部组织的验收，2000年获国家科技部“评优”滚动支持。2003年再次通过科技部国家工程中心评估，同时纳入科技部和江苏省属地双重管理。工程中心设有系统芯片、功率集成电路、无线传感器网络3个研究开发部，用房面积1500m2，拥有各类仪器设备880台套。工程中心以电子信息系统产品为龙头，集成电路芯片设计和嵌入式软件开发为核心，实施嵌入式系统工程，为用户提供整套的技术和产品解决方案，形成有自主知识产权的专用集成电路芯片和系统产品，并实现产业化。
工程中心在职教职工31人，有教授9人，副教授6，博士学位19人。其中：获得新世纪百千万人才工程国家级人选1 人，江苏省333人才工程学术带头人1人、领军人才1人，国家重大专项规划、实施专家组专家 1 人，中国青年科技奖1人，全国科技优秀工作者1人，江苏省优秀科技工作者1人，江苏省十大杰出发明人1人。科研团队获得“江苏省高等院校青蓝工程创新团体”称号。
工程中心服务于国家战略需求和区域经济发展，坚持自主创新，紧紧围绕以提升产业核心竞争力，突破核心技术和关键技术为目标，承担了国家自然科学基金、国家“863”计划、国家重大专项等国家级项目26项，省部级攻关项目等25项；工程中心已开发了有自主知识产权的专用集成电路芯片20余块，以专用集成电路为核心的系统产品30余种，有14项成果辐射到企业规模生产，取得了较好的经济和社会效益。研究成果获国家科技发明二等奖1项，国家科技进步三等奖1项，江苏省科技进步一等奖4项，教育部科技进步二等奖2项；通过国家重点新产品认证2项，拥有专利200余项，发表著作7部，论文700余篇，其中被SCI/EI收录252篇。
工程中心注重研究生培养质量，获全国百篇优秀博士论文提名奖1人。学生参加比赛中，获得第六届、第七届、第八届、第九届、第十届、第十一届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖、一等奖、二等奖和三等奖，第三届“挑战杯”天堂硅谷中国大学生创业计划竞赛金奖。
工程中心作为国家创新体系重要组成部分，不断探索产学研结合的创新模式和机制，取得了较好效果。
2002年3月，工程中心组建的江苏东大集成电路系统工程技术有限公司，作为成果转化中试基地，坚持以IC设计、嵌入式系统设计为核心，致力于掌握嵌入式系统的核心技术和提供自主知识产权的信息终端产品和解决方案，产品包括：金融支付产品、移动信息终端产品以及集成电路设计服务。
2007年8月在东南大学苏州研究院成立集成电路与系统重点实验室，是工程中心苏州研发基地的主体。实验室形成了三个研究方向，无锡传感器网络SoC芯片设计研究、功率集成电路研究以及高频高功率器